yazkampı2015 etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster
yazkampı2015 etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster

25 Ağustos 2015 Salı

Söylenecek Çok Şeyden Bazıları

Merhabalar

Kamptan ayrılıp eve döneli 10 gün oldu. Eve geldiğimde nedense sanki önceki gün ayrılmış gibiydim. Kamp resmen 2 aya yakın bir sürenin göz açıp kapamalık bir sürede akmasına sebep olmuş bence. Hayatım boyunca hiç böyle yoğun bir programa katılmamıştım ve sonunda ciddi anlamda artık daha farklı düşünebildiğimi görüyorum. En basitinden kafamda önceden tam netleşemeyen biyoinformatik olgusunu netleştirip, hayatımın bundan sonraki kısmında programlamayı hiçbir şekilde geri plana atmayacağıma karar vermiş bulundum.

23 Ağustos 2015 Pazar

Geldi Veda Zamanı Biyoinformatikçilerin

Herkese merhabalar!
Sayılı gün çabuk geçer derler ya, bizim de yaz kampımız aynı durumdan muzdarip. Ne zaman başladı, ne yaptık, ne ettik derken geçtiğimiz hafta yolun sonuna geldik. Bloğumuz da ardı ardına gelen veda yazılarıyla çalkalanırken, düşene bir de ben vurayım diyerek kendi veda yazıma başlıyorum :)  

22 Ağustos 2015 Cumartesi

Veda Yazısı

Herkese merhaba !

Bu blogdaki son yazım olacak bu yazı, kamp hakkında genel bir değerlendirme yazısı olacak ( Evet yazı ! )Yapılan her işte bir sonrakinin daha güzel ve daha profesyonel olması için geri bildirimin önemi tartışılamaz. Bence gayet de güzel ve profesyonel olan kampımız hakkında geneli olumlu yorumlardan oluşan bir yazı olacak bu. Olumlu eleştiri sizi bir yere götürmez pek fazla ama yiğidi öldür hakkını yeme mevzusu da var burada. O zaman başlayalım. Umarım uzun yazıp da sizi sıkmam.

20 Ağustos 2015 Perşembe

Bir Biyoinformatik Kampından Sonra

Biyoinformatik kampı geçtiğimiz hafta tamamlandı. Dünya'nın işini yaptık.

Anlatmaya nereden başlasam bilemiyorum. Biyoinformatik, lisans eğitimi bulunan ya da sertifikalandırılabilen bir alan değil. Bu durum aslında tek bir şeyi aşırı önemli ve değerli kılıyor, kişisel çaba. Özellikle ülkemizde biyoinformatikle ilgilenmek için kesinlikle bir kişisel ilgiye sahip olmak ve daha da önemlisi kendi yolunuzu kendiniz çizmek durumundasınız. Bu durumun zorluğu çokça çabalamanızın gerekmesi, avantajı ise ülke sınırları içerisinde henüz keşfedilmemiş pek çok yönde kendi yolunuzu açabilme imkanı. Biyoinformatik alanındaki kararlılığı sürdürebilmenin tek yolu bir şekilde sizi bu yolda ilerletecek bir şeyler bulmak. Bu nedenle Türkiye'de biyoinformatik adına atılan her adım geleceği doğrudan şekillendiriyor.

Biyoinformatik kampında da bu alana dair soru işaretlerine cevap verildi. Öte yandan kamp, bu alanda bir kararlılık yakalamak isteyen kişilere kitaplarda bulamayacağı bir şey verdi: Tecrübe. Biyoinformatiğin tanımının henüz yapıldığı ülkemizde bu alanı hayat tarzı belirlemek isteyen kişilere bir tecrübe aktarma ortamı oluşturduğu için kampın düzenleyicisi Ahmet Raşit Öztürk'e kendim adına teşekkür ediyorum.

Kampın asıl süresini 10 kişilik bir ekiple sürdürdük. Bir buçuk ay boyunca http://yazkampi2015.blogspot.com.tr/ blogunda 50'ye yakın yazı yayınladık. Her şeyi aktarmaya çalıştık, bazı şeyleri kendimize sakladık. Nihayetinde Python programlama dilinden moleküler biyolojinin derinlerine, yeni nesil dizilemeden veri analizi teorilerine kadar pek çok şey arasında bağlantı kurduk. Bu kampta yapılan şey biyoinformatiğin tanımını yapmak yani biyoinformatiği oluşturan her şeyin birbiri ile bağlantısı kavramaktı.

Programlama yaptık, veri analizinin mantığını kavramaya çalıştık, takım çalışmasına yoğunlaştık, sert eleştiriler altında sunumlar yaptık, Minecraft, Counter Strike oynadık, hayali şirketler kurduk yatırım topladık, pizza yedik, Türkiye'nin ilk biyoinformatik kodlama maratonunu gerçekleştirdik, blog yazdık, rapor yazdık,  mantı yedik. Kısacası bir Dünya iş yaptık.

Bu kampı değerlendirirken şimdi oldukça rahat söyleyebilirim ki bizi Kayseri'de bir buçuk ay bir arada tutan şeyi, biyoinformatiği anladık. Kendi yolumuzu açmak istediğimizde bize destek olacak bir temel attık. Belki biraz daha fazlasını söylemeye cesaret ederek bu, bizler için bir kişisel gelişim kampı oldu.

Yazının giderek daha romantik bir hal aldığı fark ederek, aldığım ve aktarmak istediğim tavsiyeler kısmına geçmek istiyorum.

Biyoinformatik bahsettiğim gibi Türkiye için oldukça yeni (daha adında bile uzlaşılmış değil bkz. biyoenformatik). Bir yerlerde insanlar bu alanla uğraşıp, hayatlarını bundan kazanıyor; bu alana gönül verip katkı yapmaya çalışıyor. Tüm bu olan biten bir şekilde bir ağın da parçası. Yani Google'da biyoinformatik kelimesini arayarak bir ucundan tutabileceğiniz bu ağ sizi kendi şehrinizde, üniversitenizde biyoinformatik yapan kişilere, bu alanda verilen eğitimlere kadar götürecektir.

Biyoinformatiği tanımak için öncelikle internette bu alanla ilgili vakit geçirmenizi tavsiye ediyorum. Bunu yaparken bu alanda hangi birikimlere ihtiyaç duyulduğunu anlayacaksınızdır. Programlama, moleküler biyoloji, istatistik gibi. Bir ayağınız laboratuvarda mı olacak yoksa tamamen bilgisayarlı biyoloji mi yapacaksınız tüm bu cevapları biyoinformatiği tanıdıkça bulabileceksiniz. Bu süreçte biyoinformatik kursları, kampları, projeleri size yol gösterecektir.

Moleküler biyoloji ve genetik alanında kariyer hedefleyen kişiler, derinleştikçe biyoinformatiğin bu alandaki önemine tanık olmuşlardır. Bu noktada söylenebilecek en doğru şey biyoinformatiğin bir araç olması. Yani bu alanda kariyer yapmayacak bile olsanız, moleküler biyoloji kariyerinizi biyoinformatik aracı ile taçlandırabilirsiniz.

Bizler bu kampa başlarken, biyoinformatikle her fırsatta ilgilenmeye çalışan kişilerdik; bu kamp da o fırsatlardan biriydi. Kimimiz bunu moleküler biyoloji kariyerinde araç olarak kullanacak, kimimiz sadece biyoinformatikte bir kariyer hedefleyecek; bazıları da bambaşka bir yöne gidecek. Kamp, bize bir seçme şansı tanıdı; bu anlamda bizleri dolduran bu eğitim ve eğlence dolu fırsattan minnettar olduğumu belirterek bitirmek istiyorum.

Reklamlar: Bu arada ben Seyit, seyitzor.com adresli blogumda biyoinformatik sekmesi altında bu alana dair bir şeyleri mutlaka paylaşıyor olacağım.

16 Ağustos 2015 Pazar

Kaçınılmaz Son ..

Herkese merhaba !

Dün kampımızın son günüydü. Aslında bu sıfata cuma günü daha layık, zira dün beraber güzel vakit geçirmek adına Hoca'mızın evine kahvaltıya gittik ve günü orada harcadık, bu nedenle de kampa dair bir şey yapmadık. Son günümüzü çok güzel bir şekilde geçirmiş olduk. Unutmadan, dün ve diğer her gün için Ahmet Hocamız, eşi Melike Hanım ve dünyalar tatlısı Bıcırık'a sonsuz döngüye giren bir şekilde teşekkürlerimi iletmek istiyorum. Kampımızın bu denli sıcak olmasındaki etkileri 10 üzeri bir sürü kadar! Buyurun bu da eksikliklerimiz olsa da son beraber fotoğrafımız.



Sabahtan buluşup gittiğimiz  kahvaltıdan sonra hep birlikte sohbet edip, komikli kanallar izleyip insanlara şok olduk.. Daha sonra tabu oynadık ancak zaman kısıtlamamız olduğu için biraz hızlandırılmış bir şekilde oyunu tamamlamak zorunda kaldık. Kim mi kazandı ? Gene dostluk tabii ki! Ne kadar da başarılı bir dostluk, hep kazanıyor.

Daha sonra uzaklara gidecek bizler uçaklarımıza, otobüslerimize doğru yol aldık yavaştan. Neslihan ve ben asla eve ulaşamayacağımızı sanırken ilginçtir ki evlerimize varabildik. Böyle söylememin nedeni 20:30'da olan ve 1 saat sürecek olan uçuşumuzu, gece 3'te eve vararak tamamlayabilmiş olmamız. Bazen yollar o kadar kısa olamayabiliyor maalesef. Ah şu rötar ! 

Stajın genel değerlendirmesini  haftaya yazacağım yazıya saklayacağım için bu yazıyı kısa tutuyorum. Bu nedenle şimdilik kendinize iyi bakın.

Sevgiler :)

FC.

10 Ağustos 2015 Pazartesi

06-08/08/2015 - Til' Next Time, Signing Out...

Hey world! This will be my last post about our Bioinformatics Internship! I have grown wings, and i am flying out of the crew-nest for a test run. Thank you all for following along with me in this amazing journey! A shout out to my mentors, and crew who made this all and event to truly remember. Peace!

9 Ağustos 2015 Pazar

Ağustos 8, 2015

Herkese merhaba, 

Unutkanlığıma verin, dün yazmış olmam gereken blog yazısını biraz gecikmeyle gözlerinizin hizmetine sunuyorum. 

3 Ağustos 2015 Pazartesi

Bir Pazar Ertesi, 3 Ağustos

d3, veri görüntülemede inanılmaz seçenekler sunan oldukça pratik kullanıma sahip bir JavaScript kütüphanesidir. Biz de stajda d3 ile veri görüntüleme konusunda tecrübe ediniyoruz.

d3'e öncelikle http://d3js.org/ adresinden erişebilirsiniz.

d3 ile çalışırken ihtiyaç duyulan iki temel araç HTML ve CSS. Biz de bir yandan bunları öğrenirken bir yandan d3'e giriş yapıyoruz.

d3'ü elbette rastgele verilerle de denedikten sonra öncelikli amacımız bir gerçek veri setindeki gen ifade miktarlarını kullarak dağılım grafiği (scatter plot) ve çubuk grafiği (bar chart) çizmek oldu. Bunun için d3 adresinde ve tabi internette oldukça fazla hazır kod bulunmakta, bunlara kısa bir araştırma ile erişmek mümkün. Daha sonrasında yapılması gereken kodu işinize uygun hale getirmek. Bunu için bir miktar JavaScript, HTML ve CSS bilmek gerekebilmektedir.


d3 gibi kütüphaneler, amacı bir veri ile yorum sunum ya da  benzeri şeyler yapmak olan kişilere önceden ihtiyacı olabilecek araçları sağladığı ve kişilerin kodlama süresinden tasaruf etmesini sağladığı için oldukça değerlidir.

2 Ağustos 2015 Pazar

30/07/2015 - 01/08/2015 - Just a Friendly Reminder: 'First of the month, your rent is due.'

30/07/2015

Today after the Bioinformatics Hackathon, we are back to the old schedule again. We arrived early today to prepare for the day ahead of us. After the some of us had breakfast, we jumped right into preparing the 40 minute presentation. I found that as the number of people working together increases, organization and coordination is key. We all have presentations ready, but we need to put them together. We elected Seyt to organize and prepare the powerpoint presentation. He hooked up his laptop to the projector, and we got to work. After  approximately close to three hours,  we only got twentyfive percent of the powerpoint done.

1 Ağustos 2015 Cumartesi

Buyrun efem... Ağustos 1, 2015

Cumartesi günleri blog yazmanın en keyifli tarafı genelde yaptığımız bir etkinlikten bahsetmek. Hafta içi bizim için çok yoğun geçiyor, çoğu zaman cumartesi de çalışıyoruz ancak yaptığımız etkinlikler, tüm haftanın yorgunluğunu bir anda alıp götürüveriyor. Mesela bugün Seyit'lere misafir olduk ve tam kadro ekibimizle hep beraber mangal yaptık. Maksat muhabbet tabi. Ateş önü muhabbeti başka olur. Biz de hem muhabbet ettik hem aç karnımızı doyurduk :) Hem çay da vardı. Hani şu demleme olanından. 

30 Temmuz 2015 Perşembe

'Making History' - The First Bioinformatics Hackathon in Turkey

This previous Monday and Tuesday, the crew and Ahmet Rasit embarked on a Hackathon. A hackathon is an event in which computer programmers and others involved in software development (and hardware development), including graphic designers, interface designers and project managers, collaborate intensively on software projects.

28 Temmuz 2015 Salı

28 Temmuz - Alanında Bir İlk: Biyo Hackathon

Merhaba sevgili takipçilerimiz!
Özellikle son üç gündür elimizdeki tüm sosyal medya imkanlarını seferber ederek duyurmaya çalıştığımız "Biyo Hackathon" etkinliğimize belki siz de bir yerlerde denk gelmişsinizdir. Gelmediyseniz de üzülmeyin, yazının devamında ilgili bağlantıları paylaşıyor olacağız. Burada da bu etkinliğimizden daha önce kısaca bahsetmiştik ama gerçekten de şu zamana kadar ne yaptığımızı merak ediyorsanız hemen anlatalım.

27 Temmuz 2015 Pazartesi

23-25/07/2015 - Mission: Loading...

23/07/2015:

Today we started the day off with presentations from Ahmet hoca. He talked for a good two hours. he mainly focused on presentations, and how to excel in them. He gave us a few tricks and made a few suggestions. We were assigned to give a forty minute long group presentation. We each got various topics regarding technology companies, and we had to link, and present them. We are currently seven people, and we had to assign equal amount of time per person.



25 Temmuz 2015 Cumartesi

Gezdik, Gördük ve Tabii ki Öğrendik ! Temmuz 25, 2015

Merhabalar !

Bugün her zamankinden farklı bir yazı olacak bu blog yazısı. Neden derseniz, bugün kendimize izin verdik ve bilgisayarlarımıza gömülmek yerine açık havaya açılalım dedik. Biraz fazla açılmış olacağız ki bugünkü durağımız Nevşehir oldu. Avanos sizin Göreme bizim dolaştık bütün gün. Tabii ki bu önceden kararlaştırılmış bir plandı. Bu nedenle sabah yolluklarımızı hazırlayıp çıktık yola. Kayseri Nevşehir arası çok kısa, İstanbul'daysanız eğer şöyle bir ölçü verebilirim. Siz akşam trafiğinde işinizden evinize gidene kadar biz buradan Avanos'a varmış oluyoruz. Bu nedenle eğlenceli bir yolculukla kısa sürede vardık durağımıza. 

11 Temmuz 2015 Cumartesi

9th to 11th of July 2015

Greetings world! I am Mehmed Canatan and i will be the second person to give you weekly blogs in English. I am responsible for the last three days (Thursday, Friday, saturday) out of our six working days at the Bioinformatics Summer Camp at Genkok located in Kayseri, Turkey. The first three days shall be blogged none other than my elder brother Mustafa Canatan. I am currently a student at Gaziantep University and will attend my second year there next year in the Faculty of Medicine. I am the second by-product of the marriage between a Turkish male; my father Halit, and a Turkish Cypriot female; my mother Ayse alongside the first and third by-products, my elder brother Mustafa whom i mention before and my younger brother Ahmed respectively. We as three brother were all conceived and produced in the United States of America, in Columbus, Ohio. The aim of this blog is to inform readers of the ups and downs on this Bioinformatics course-wave we are riding, so buckle down, here we go!

11 Temmuz Cumartesi ve Biz Yine Buradayız !!

         Herkese merhaba. Ben Fatma. ODTÜ Moleküler biyoloji ve genetik öğrencisiyim. Bugün ilk olmak üzere, her cumartesi buradan sizlerle kampımızın nasıl gittiğini, neler yaptığımızı paylaşacağım.
            
            Bugün cumartesi ve biz haftasonu torpili alarak güne biraz daha geç başladık. Bir araya gelmemizle işlerimizi halletmeye başlamamız bir oluyor zaten. Bugün de aynı şekilde toplanır toplanmaz kod yazmaya başladık. Bugünkü kodumuz, bize verilen FASTA formatındaki bir sekansın içinden, gereksiz satırları çıkararak intron ayıklamaktı. Grup olarak şimdiye kadar en zorlandığımız kod oldu ama kısa fonksiyonlar imdadımıza yetişti sonunda. Bunu yazdıktan sonra başka bir genden, birden fazla ekzon ayırmaya ve bu bulduklarımızı sıralamaya çalıştık. Gün bitti ancak henüz başarılı bir grup çıkmadı. Biz de bunu pazar günü uğraşmak üzere ödev olarak aldık.