06-08/08/2015 - Til' Next Time, Signing Out...

Hey world! This will be my last post about our Bioinformatics Internship! I have grown wings, and i am flying out of the crew-nest for a test run. Thank you all for following along with me in this amazing journey! A shout out to my mentors, and crew who made this all and event to truly remember. Peace!

5 Ağustos, Çarşamba

Kampta son haftaya doğru ilerliyoruz. Yorulduk mu, belki ama motivasyonumuz düşmüyor. Düşürmüyoruz.

d3'ten önceki yazılarda bahsetmiştik. Veri görüntüleme, veri analizi adına mevcut en iyi JavaScript kütüphanelerinden biri. Bu haftalarda odağımızı Python'dan d3'e çeviriyoruz. d3 kullanabilmek içinse HTML ve CSS temeli gerekiyor. Bunun için öncelikle Codeacademy'de ilgili dersleri tamamlamamız gerekiyor, Bugünlerdeki ilk hedefimiz bu. Bu derslere https://www.codecademy.com/en/tracks/web adresinden sizler de ulaşabilirsiniz.

Kampta bir yandan da bir şirket nedir, nasıl yönetilir ve ne gibi gelirleri giderleri vardır bunları anlamaya çalışıyoruz. Bunun için daha önce bir şirket kurma ve yatırım toplama yarışması yapmıştık. Bugün de Game Dev Tycoon adlı oyunda bir turnuva düzenledik. Oyun, kendi bilgisayar oyununu yapan bir şirketi yönettiğiniz bir oyun. Doğru kombinasyonlarla bilgisayar oyunları yapıp bunların satışından ve ilerde çok daha karmaşık süreçlerden sorumlu olduğunuz bir oyun. Tavsiye edilir. 

Biz 10 kişilik bir ekibiz. Bir odada oturuyoruz ve hepimizin önünde bir bilgisayar var. Tam da... Evet o kadar kişi bir odada otutur da Counter Strike oynamaz mı? Oynadık.

Oyunlar bir yana haftanın teması d3'ü yeniden yücelteyim. d3, işi veri analizi ve görüntülemeye bir yerde düşen herkes için paha biçilemez bir kaynak. O yüzden yazının başında bahsettiğim Codeacademy derslerini hızlıca yapıp d3 ile harikalar yaratabilirsiniz. http://d3js.org/ 

Bir Pazar Ertesi, 3 Ağustos

d3, veri görüntülemede inanılmaz seçenekler sunan oldukça pratik kullanıma sahip bir JavaScript kütüphanesidir. Biz de stajda d3 ile veri görüntüleme konusunda tecrübe ediniyoruz.

d3'e öncelikle http://d3js.org/ adresinden erişebilirsiniz.

d3 ile çalışırken ihtiyaç duyulan iki temel araç HTML ve CSS. Biz de bir yandan bunları öğrenirken bir yandan d3'e giriş yapıyoruz.

d3'ü elbette rastgele verilerle de denedikten sonra öncelikli amacımız bir gerçek veri setindeki gen ifade miktarlarını kullarak dağılım grafiği (scatter plot) ve çubuk grafiği (bar chart) çizmek oldu. Bunun için d3 adresinde ve tabi internette oldukça fazla hazır kod bulunmakta, bunlara kısa bir araştırma ile erişmek mümkün. Daha sonrasında yapılması gereken kodu işinize uygun hale getirmek. Bunu için bir miktar JavaScript, HTML ve CSS bilmek gerekebilmektedir.

d3 gibi kütüphaneler, amacı bir veri ile yorum sunum ya da  benzeri şeyler yapmak olan kişilere önceden ihtiyacı olabilecek araçları sağladığı ve kişilerin kodlama süresinden tasaruf etmesini sağladığı için oldukça değerlidir.

30/07/2015 - 01/08/2015 - Just a Friendly Reminder: 'First of the month, your rent is due.'

30/07/2015

Today after the Bioinformatics Hackathon, we are back to the old schedule again. We arrived early today to prepare for the day ahead of us. After the some of us had breakfast, we jumped right into preparing the 40 minute presentation. I found that as the number of people working together increases, organization and coordination is key. We all have presentations ready, but we need to put them together. We elected Seyt to organize and prepare the powerpoint presentation. He hooked up his laptop to the projector, and we got to work. After  approximately close to three hours,  we only got twentyfive percent of the powerpoint done.

Temmuz' u Bitirirken...

Herkese Merhaba !
Kampımız yine her zamanki yoğunluğuyla hatta daha fazlasıyla devam etmekte. En son, Türkiye' de bir ilk olan "Biyo Hackathon" etkinliğini 48 saat süreyle geçirdik. Bu etkinliğin çok faydalı olduğunu ve hepimize birçok şey kattığını düşünüyorum. Hackathon' da ne yaptığımızı anlatan bir yazıyı kişisel blogumda paylaşacağım. Bu yüzden şimdilik hackathon' u bir kenarda bırakalım.
Hackathon' un yoğunluğuyla yorulan bünyelerimiz bugün biraz dinlenmiş oldu. Güne  http://agar.io/ diye bilinen eğlenceli oyunu oynamakla başladık. Oyuna bir hücre olarak başlıyorsunuz. Amaç kendinizden küçük hücreleri yiyerek büyüme, büyüdükçe puan kasmak. Ayrıca takım halinde de aynı server' da oynanabiliyor. Oyunun ardından Ahmet Hoca, agar.io ya benzer bir uygulamayı, bir javascript eklentisi olan d3 ile yapabilir miyiz diye düşünmemizi, pseudocode geliştirmemizi söyledi. Ardından işin kodlama kısmına geçtik ve http://d3js.org/ ile kodlamaya başladık. d3' ün güzelliklerini ve kullanıcıya sağladıkları olanakları merak edenler linkten ulaşabilir. d3 bir çeşit javascript kütüphanesi. Bu kütüphaneyi kullanarak ve html koduna ekleyerek daha interaktif uygulamalar geliştirebiliyorsunuz. Ahmet Hoca ile beraber ekranda farenin konumuna göre hareket eden bir daire yaptık. Söylendiği kadar kolay ve kısa bir kodu yok maalesef bunun. Ardından ekranda rastgele beliren küçük daireler yaptık ve dairemiz bunların üstüne geldiğinde büyüyordu. Bu uygulamayı bitirdikten sonra herkes, ekranda rastgele konumlarda beliren 10 adet daire yapmaya çalıştı ve herkes yaptı. Ancak burada bir sorun vardı ki o da; ekranda beliren dairelerin birbirinin üstünde de belirmesiydi. Bu tabii ki istemediğimiz bir olaydı. Ahmet Hoca bunu nasıl çözümleyebileceğimizi anlattı ve beraber bu sorunu da aştık. Böylece elimizde 2 tane küçük sayılabilecek ancak temelden bizlere çok şey katan uygulamalarımız oldu.
Nice uygulamalar geliştirmemiz dileğiyle...

Esen kalın, bilimle kalın...

30 Temmuz

Merhabalar!

Yaptığımız hackathon etkinliğimizde iki gün uykusuz kalmanın sonucunda sağlam bir dinlenmeyi hak etmiştik ve çarşamba günü öğleden sonrayı dinlenmeye ayırdık. Dinlendikten sonra bu sabah, çalışmalarımızı sürdürmek üzere tekrar görev başındaydık.