25 Ağustos 2015 Salı

Söylenecek Çok Şeyden Bazıları

Merhabalar

Kamptan ayrılıp eve döneli 10 gün oldu. Eve geldiğimde nedense sanki önceki gün ayrılmış gibiydim. Kamp resmen 2 aya yakın bir sürenin göz açıp kapamalık bir sürede akmasına sebep olmuş bence. Hayatım boyunca hiç böyle yoğun bir programa katılmamıştım ve sonunda ciddi anlamda artık daha farklı düşünebildiğimi görüyorum. En basitinden kafamda önceden tam netleşemeyen biyoinformatik olgusunu netleştirip, hayatımın bundan sonraki kısmında programlamayı hiçbir şekilde geri plana atmayacağıma karar vermiş bulundum.

Bioinformatics: Reflecting on the Summer Internship

A lot of activities took place during our courses, and a lot of knowledge was passed around during our activities. In my final blog entry I would like to to reflect on the things that I took away from this course on bioinformatics, including how it has and how it will affect me.

Let's start at the beginning of our journey, when the introductory bioinformatics course was being given to well over a hundred people. During this time my colleagues were given the task to take care of our designated groups and it was during this time that I first started to learn about bioinformatics along with everyone else in the auditorium. After the course was finished I was ready to dive right in, and dive we did into Python. This particular language is very good when used as an introductory language because it has a higher percentage of plain word usage along with less special character usage, resulting in code that is easier to write and read. With Python I was able to grasp the mentality required to program effectively. While learning about Python we were divided into teams of two, and during the learning process I picked up plenty of experience in how to deal with all sorts of people and work together in a group.

While mastering Python we saw plenty of other lessons and activities ranging from Scratch, Data Science from Scratch, and learning to use IPython. We made sure not to burn ourselves out by having fun in between by playing team based games such as agar.io, and Counter-Strike. We should also not forget trying to build Genkok in Minecraft.

While our game habits helped us throughout the internship, they could not help us during the hackathon, during which we had to be on full alert all the time, expect when sleeping. I already talked about my thought and feelings on the hackathon in this blog entry. But to reiterate I learned a lot useful information that I look forward to applying in my  future career.

Nearing the end of our internship we quickly looked at different programming languages such as HTML+CSS, then a little d3js, and a little R. We even had a look at Matlab even though we didn't use it. I learned that each language tries to fill in a certain niche, and while most languages can be used for the same purposes some languages are just better and/or faster at some things than other languages. To give an example I will say that a lot of the coding we did on Python took quiet a while to print out a result, and how most codes are ported over to the C++ language due to its extreme speed improvement.

To round up this blog post I would like to talk about the overall environment of the internship for those of you looking to join our ranks the following years. From my point of view the atmosphere of our group was one of the best I have ever encountered, with so much positive energy. Sure there were rough times but nothing that couldn't be handled. All it took was our first week together where we became comfortable with each other to turn the environment into a very chill place full of laughter and fun times. If you are looking for an active summer where you can learn about biology, computers, and coding, give the bioinformatics summer internship a try. Thanks for reading and have a nice summer!

23 Ağustos 2015 Pazar

Geldi Veda Zamanı Biyoinformatikçilerin

Herkese merhabalar!
Sayılı gün çabuk geçer derler ya, bizim de yaz kampımız aynı durumdan muzdarip. Ne zaman başladı, ne yaptık, ne ettik derken geçtiğimiz hafta yolun sonuna geldik. Bloğumuz da ardı ardına gelen veda yazılarıyla çalkalanırken, düşene bir de ben vurayım diyerek kendi veda yazıma başlıyorum :)  

22 Ağustos 2015 Cumartesi

Veda Yazısı

Herkese merhaba !

Bu blogdaki son yazım olacak bu yazı, kamp hakkında genel bir değerlendirme yazısı olacak ( Evet yazı ! )Yapılan her işte bir sonrakinin daha güzel ve daha profesyonel olması için geri bildirimin önemi tartışılamaz. Bence gayet de güzel ve profesyonel olan kampımız hakkında geneli olumlu yorumlardan oluşan bir yazı olacak bu. Olumlu eleştiri sizi bir yere götürmez pek fazla ama yiğidi öldür hakkını yeme mevzusu da var burada. O zaman başlayalım. Umarım uzun yazıp da sizi sıkmam.

20 Ağustos 2015 Perşembe

Bir Biyoinformatik Kampından Sonra

Biyoinformatik kampı geçtiğimiz hafta tamamlandı. Dünya'nın işini yaptık.

Anlatmaya nereden başlasam bilemiyorum. Biyoinformatik, lisans eğitimi bulunan ya da sertifikalandırılabilen bir alan değil. Bu durum aslında tek bir şeyi aşırı önemli ve değerli kılıyor, kişisel çaba. Özellikle ülkemizde biyoinformatikle ilgilenmek için kesinlikle bir kişisel ilgiye sahip olmak ve daha da önemlisi kendi yolunuzu kendiniz çizmek durumundasınız. Bu durumun zorluğu çokça çabalamanızın gerekmesi, avantajı ise ülke sınırları içerisinde henüz keşfedilmemiş pek çok yönde kendi yolunuzu açabilme imkanı. Biyoinformatik alanındaki kararlılığı sürdürebilmenin tek yolu bir şekilde sizi bu yolda ilerletecek bir şeyler bulmak. Bu nedenle Türkiye'de biyoinformatik adına atılan her adım geleceği doğrudan şekillendiriyor.

Biyoinformatik kampında da bu alana dair soru işaretlerine cevap verildi. Öte yandan kamp, bu alanda bir kararlılık yakalamak isteyen kişilere kitaplarda bulamayacağı bir şey verdi: Tecrübe. Biyoinformatiğin tanımının henüz yapıldığı ülkemizde bu alanı hayat tarzı belirlemek isteyen kişilere bir tecrübe aktarma ortamı oluşturduğu için kampın düzenleyicisi Ahmet Raşit Öztürk'e kendim adına teşekkür ediyorum.

Kampın asıl süresini 10 kişilik bir ekiple sürdürdük. Bir buçuk ay boyunca http://yazkampi2015.blogspot.com.tr/ blogunda 50'ye yakın yazı yayınladık. Her şeyi aktarmaya çalıştık, bazı şeyleri kendimize sakladık. Nihayetinde Python programlama dilinden moleküler biyolojinin derinlerine, yeni nesil dizilemeden veri analizi teorilerine kadar pek çok şey arasında bağlantı kurduk. Bu kampta yapılan şey biyoinformatiğin tanımını yapmak yani biyoinformatiği oluşturan her şeyin birbiri ile bağlantısı kavramaktı.

Programlama yaptık, veri analizinin mantığını kavramaya çalıştık, takım çalışmasına yoğunlaştık, sert eleştiriler altında sunumlar yaptık, Minecraft, Counter Strike oynadık, hayali şirketler kurduk yatırım topladık, pizza yedik, Türkiye'nin ilk biyoinformatik kodlama maratonunu gerçekleştirdik, blog yazdık, rapor yazdık,  mantı yedik. Kısacası bir Dünya iş yaptık.

Bu kampı değerlendirirken şimdi oldukça rahat söyleyebilirim ki bizi Kayseri'de bir buçuk ay bir arada tutan şeyi, biyoinformatiği anladık. Kendi yolumuzu açmak istediğimizde bize destek olacak bir temel attık. Belki biraz daha fazlasını söylemeye cesaret ederek bu, bizler için bir kişisel gelişim kampı oldu.

Yazının giderek daha romantik bir hal aldığı fark ederek, aldığım ve aktarmak istediğim tavsiyeler kısmına geçmek istiyorum.

Biyoinformatik bahsettiğim gibi Türkiye için oldukça yeni (daha adında bile uzlaşılmış değil bkz. biyoenformatik). Bir yerlerde insanlar bu alanla uğraşıp, hayatlarını bundan kazanıyor; bu alana gönül verip katkı yapmaya çalışıyor. Tüm bu olan biten bir şekilde bir ağın da parçası. Yani Google'da biyoinformatik kelimesini arayarak bir ucundan tutabileceğiniz bu ağ sizi kendi şehrinizde, üniversitenizde biyoinformatik yapan kişilere, bu alanda verilen eğitimlere kadar götürecektir.

Biyoinformatiği tanımak için öncelikle internette bu alanla ilgili vakit geçirmenizi tavsiye ediyorum. Bunu yaparken bu alanda hangi birikimlere ihtiyaç duyulduğunu anlayacaksınızdır. Programlama, moleküler biyoloji, istatistik gibi. Bir ayağınız laboratuvarda mı olacak yoksa tamamen bilgisayarlı biyoloji mi yapacaksınız tüm bu cevapları biyoinformatiği tanıdıkça bulabileceksiniz. Bu süreçte biyoinformatik kursları, kampları, projeleri size yol gösterecektir.

Moleküler biyoloji ve genetik alanında kariyer hedefleyen kişiler, derinleştikçe biyoinformatiğin bu alandaki önemine tanık olmuşlardır. Bu noktada söylenebilecek en doğru şey biyoinformatiğin bir araç olması. Yani bu alanda kariyer yapmayacak bile olsanız, moleküler biyoloji kariyerinizi biyoinformatik aracı ile taçlandırabilirsiniz.

Bizler bu kampa başlarken, biyoinformatikle her fırsatta ilgilenmeye çalışan kişilerdik; bu kamp da o fırsatlardan biriydi. Kimimiz bunu moleküler biyoloji kariyerinde araç olarak kullanacak, kimimiz sadece biyoinformatikte bir kariyer hedefleyecek; bazıları da bambaşka bir yöne gidecek. Kamp, bize bir seçme şansı tanıdı; bu anlamda bizleri dolduran bu eğitim ve eğlence dolu fırsattan minnettar olduğumu belirterek bitirmek istiyorum.

Reklamlar: Bu arada ben Seyit, seyitzor.com adresli blogumda biyoinformatik sekmesi altında bu alana dair bir şeyleri mutlaka paylaşıyor olacağım.

17 Ağustos 2015 Pazartesi

13th of August to 14th of August: Primer Design Narrative Part 2

In these last two days of our internship we finished up our primer design code and starting wrapping up our internship. We also had a special final day on the 15th, which my colleagues have detailed on their own blog entries. Before diving into our daily narrative I would like to leave you with the state of the room at the end of the 13th of August, a gloomy looking place without the home decorations we had installed at the beginning of the internship. But a lot of good memories were born in this room, so lets round up on a good note.


16 Ağustos 2015 Pazar

Kaçınılmaz Son ..

Herkese merhaba !

Dün kampımızın son günüydü. Aslında bu sıfata cuma günü daha layık, zira dün beraber güzel vakit geçirmek adına Hoca'mızın evine kahvaltıya gittik ve günü orada harcadık, bu nedenle de kampa dair bir şey yapmadık. Son günümüzü çok güzel bir şekilde geçirmiş olduk. Unutmadan, dün ve diğer her gün için Ahmet Hocamız, eşi Melike Hanım ve dünyalar tatlısı Bıcırık'a sonsuz döngüye giren bir şekilde teşekkürlerimi iletmek istiyorum. Kampımızın bu denli sıcak olmasındaki etkileri 10 üzeri bir sürü kadar! Buyurun bu da eksikliklerimiz olsa da son beraber fotoğrafımız.



Sabahtan buluşup gittiğimiz  kahvaltıdan sonra hep birlikte sohbet edip, komikli kanallar izleyip insanlara şok olduk.. Daha sonra tabu oynadık ancak zaman kısıtlamamız olduğu için biraz hızlandırılmış bir şekilde oyunu tamamlamak zorunda kaldık. Kim mi kazandı ? Gene dostluk tabii ki! Ne kadar da başarılı bir dostluk, hep kazanıyor.

Daha sonra uzaklara gidecek bizler uçaklarımıza, otobüslerimize doğru yol aldık yavaştan. Neslihan ve ben asla eve ulaşamayacağımızı sanırken ilginçtir ki evlerimize varabildik. Böyle söylememin nedeni 20:30'da olan ve 1 saat sürecek olan uçuşumuzu, gece 3'te eve vararak tamamlayabilmiş olmamız. Bazen yollar o kadar kısa olamayabiliyor maalesef. Ah şu rötar ! 

Stajın genel değerlendirmesini  haftaya yazacağım yazıya saklayacağım için bu yazıyı kısa tutuyorum. Bu nedenle şimdilik kendinize iyi bakın.

Sevgiler :)

FC.