8 Temmuz'dan Merhaba

Merhaba Asgardlılar

Blogun temeli benden önce atıldı, bana da kendini tanıtıp yapılan işlerden bahsetmek düşüyor. Bildiğiniz gibi bir biyoinformatik kampında yer alıyoruz ve daha önümüzde 4 buçuk hafta var. Ben Seyit Zor, Yıldız Teknik Üniversitesi biyomühendislik bölümünde eğitim görüyorum. Daha fazlasına adımı web'de aratarak ulaşmanız mümkün. Ekip arkadaşlarımı da bu hafta bitmeden tanımış olacaksınız.

Ekip hakkında spoiler vermek gerekirse, bir Minecraft özçekimi işimizi görecektir.

Bir biyoinformatik kampında neler yapılır; daha doğrusu Ahmet Raşit Öztürk'ün gemisinde nasıl yol alıyoruz ilerleyen günlerde tanıklık edeceksiniz. Geçtiğimiz hafta düzenlenen biyoinformatik kursunun yoğunluğunun ardından kamp ekibi adına henüz üç gün tamamladık ve ben sizlere üçüncü günden bahsedeceğim.

Geçtiğimiz günlerde Scratch ile programlama mantığına ısınmıştık; artık Python ile kod yazma süreci başlıyor ve biz bunun temellerini bir dizideki baz sayısını ve yüzdesini veren bir program ile attık. Oldukça basit bir kaç satırlık bu kod, programlama tecrübesine sahip olmayan kişiler için de naif bir tecrübe olmuştur. Devamında kodlar protein bilgisini verecek şekilde ve bir metin dosyası girdisi ile çalışabilecek şekilde iyileştirildi. Bu çok temel amaçlar biyoinformatiğe giriş seviyesinde programlama pratiği yapmak için oldukça elverişlidir.

Veri bilimi kampın temelini oluşturmaktadır. Bu anlamda kaynak olarak Data Science from Scratch kitabını kullanıyoruz. Kitap Python kodları ile veri analizi ne olduğunu ve nasıl yapıldığını adım adım ve çoğu zaman hikayeleştirerek anlatmaktadır.

Kamp sürecinde bir yandan farklı branşlardan gelen ekibin takım çalışmasını tecrübe etmesi amacıyla bize ait bir Minecraft server'ı üzerinde yaklaşık bin kişilik bir üniversite inşa ediyoruz. Bugün bu üniversitenin temelleri atıldı, paylaşmış olduğum selfie bu üniversitenin kapısının önünde çekildi.

Kişilerin uzaktan iletişim kurmasını sağlayan Skype, akademik alanda veya iş dünyasında son derece faydalı olabilmektedir. Kamp süresince aktif kullanılan Skype üzerinden üçüncü günde, geçtiğimiz sene düzenlenen kampa katılan ve şu an ODTÜ'de evrimsel biyoloji alanında staj yapmakta olan Evrim Fer ile bir görüşme gerçekleştirdik. Kendisi bize mevcut durumundan ve tecrübelerinden bahsetmiştir.

Üçüncü günün çıkarımları:

- Biyoinformatik temaları kullanarak programlamaya giriş yapmak için dizi içerisinde baz saydırmak, bunların yüzdelerini belirlemek tercih edilebilir. Internetten bulunabilen kodon-protein listesi kullanılarak eldeki dizi protein bilgisine dönüştürülebilir.

- Skype, uzaktan tecrübe alışverişi amacına oldukça uygun bir araçtır.

- Veri bilimine giriş yapmak isteyen kişiler Data Science from Scratch kitabını gönül rahatlığı ile kullanabilir.

- Minecraft sanıldığının aksine, ciddi bir iştir. İnsan psikolojine uygun olarak, boğucu; zoraki takım çalışmalarına yenilikçi bir alternatif oluşturmaktadır.

- Pizza, akşam yemeği için harika bir seçimdir.