Herhangi bir iş uzun süre yapılacaksa devam etme gücünü veren şey motivasyondur. Biyoinformatik kampında bizlerin motivasyonu öncelike bu alanda yetkin kişilere dönüşmek. O yüzden sürekli Minecraf...
Hayır, artık Minecraft'a zaman ayıramıyoruz. Kampın bitmesine 2 buçuk hafta kadar kaldı, giderek daha fazla şeyi tecrübe ediyoruz; tecrübelerimiz arttıkça yetenekler kazanıyoruz ve bu da elimize aldığımız işleri ya da üzerine gittiğimiz konuları giderek daha da ağırlaştırıyor.
Veri analizi ve protein kavramları hakkındaki bağı bir miktar kurmaya çalışalım. Proteinler hakkında iki temel bilgiye sahibiz. İlki enzimatik olarak fonskiyonları ve etkileşim bilgileri. Bugün bir yolak haritasına bakarak proteinler ile çalıştığımızda örneğin: A -> B -> C -> D. Bir deney yapıp C ve D'yi ortamda göremezsek B'nin etkilendiğini söyleyebiliyoruz; proteinlerin etkileşimlerine dair bu bilgi edinme yöntemini uzun süredir kullanıyoruz. Peki proteinleri neden sınıflandırıyoruz? Proteinleri alıp dijital olarak aminoasit dizilerini ve bilinen görevlerini karşılaştırarak yapabileceğimiz sınıflandırma ile tanımadığımız proteinleri belli sınıflara koyarak yaptıkları görevi tahmin etmeye çalışıyoruz. Proteinlerin bir ortamda varlığını elbette sekans bilgileri yardımı ile görebiliyoruz ama proteinler, iş yapan moleküller; bunların etkileşimlerini anlamak oldukça karmaşık ve zor. Bu anlamda çoğu zaman tahminler yaparak ilerliyoruz.
Proteinler söz konusu olduğunda biyoinformatikçiler için sekans üzerinde proteinleri bulmanın yolu motiflerdir. Motif, dizi üzerinde bir proteinin görev yaptığı, etkileşime girdiği bölgeyi verir. Bunu sınırsız amaçla kullanabiliriz. En net örneklerden biri restriksiyon enzimlerinin kesim noktalarının genomda var olup olmadığı tanıma/bağlanma dizilerine bakılarak kontrol edilir, bu diziler birer motiftir.
Bir süre önce bit gen dizisinde opsiyonel uzukluklarda motif bulabilen bir Python
kodu yazmıştık. Bu konuda tecrübe ettiğimiz en sonuç bozucu durum tekrarlı dizilerin varlığı. Tekrarlılığın pek çok çeşidi var olduğundan (AAA, GCGC vb.) bunların motif olarak görülmemesinin sağlanması gerekmektedir. Bir süredir bu tekrarlı diziler ile baş etmeye çalışıyoruz, programımızın bir diğer hedefi bütün bir kromozomda bulunan motifleri aramak olacak ve bunun uzun bir hipotezi yok, merak ediyoruz. Buna uygun programı yazmaya çalışıyoruz.
Kamp süresince anlamaya çalıştığımız bir diğer kavram ise şirket kavramı. Buna bir giriş olması nedeniyle Game Dev Tycoon adlı oyunda kendi oyun geliştiri şirketimizi kuruyor, çeşitli kombinasyonlar ile video oyunları geliştiriyor ve bir şirketi yönetmeye çalışıyoruz. Bunun yakında zamanda bir de ekip içi turnuvasını düzenlemeyi planlıyoruz.
Yazıyı sonlandırmadan önce bir kaç etkinlikten de bahsetmek gerek;
Yaşam Bilimleri Biyoinformatik Eğitimi
ODTÜ Kimya Bölümü
16-18 Eylül 2015, http://www.biyoenformatikkursu.com/
The 2nd Middle East Molecular Biology Congress and Exhibition 2015
Istanbul Kongre Merkezi, 17-20 Eylül 2015, http://membs.org/membs/
9. Uluslararası Sağlık Bilişimleri ve Biyoinformatik Sempozyum (HiBiT)
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi, Muğla, Turkey
16-17 Ekim 2015, http://hibit2015.mu.edu.tr/
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder